回京后，皇太子举行了盛大的欢迎仪式，文武百官在德胜门外跪迎凯旋的皇帝。
康熙三十七年（1698年）九月十二日，噶尔丹的遗骸被运送到北京，悬挂在城门外示众。不久，依照吴三桂的例子，挫骨扬灰，以警后来者。
这次战役不仅维护了清廷内部的稳定，也扩展了清帝国的领土，清朝将边境线延伸到阿尔泰山一带，并将广阔的喀尔喀蒙古正式纳入版图中，清帝国的领土达到一千三百多万平方公里。