金阁寺其实是一个小巧玲珑的建筑，一共分为三层，第一层是平安时代的贵族建筑风“法水院”，第二层是镰仓时代的武士建筑风“潮音洞”，第三层是中国唐朝的建筑风，属于禅宗佛殿建筑。金阁寺的魅力之一就在于，把三种建筑风格融为了一体。
中国也有一个金阁寺，在山西五台山上。中国的金阁寺是参照印度最著名的那烂陀寺建造的，还请了那烂陀寺的纯约法师亲自来监工，它所处的地势非常高，大约海拔1900米，金阁寺本身又有30多米高，所以可以说是高耸入云。