在厦门的部下，当然无法执行这个过于峻切、有失人之常情的命令。他们集体抗命不遵。郑成功愤懑至极，一病不起。弥留之际，他在病床上说道：
“自国家飘零以来，枕戈泣血十有七年，进退无据，罪案日增。今又屏迹遐荒，遽捐人世。忠孝两亏，死不瞑目！天乎天乎！何使孤臣至于此极也？”
临终又叹曰：“吾有何面目见先帝于地下！”顿足拊膺（yīng），“以两手抓其面而逝”。
享年三十有九。